На час набуття Україною незалежності Анатолій Леонідович очолював військову частину спеціального призначення Чорноморського флоту, яка під його командуванням стала найкращою серед подібних частин військово-морського флоту колишнього СРСР.

У 1991 році без жодних сумнівів та вагань капітан першого рангу Анатолій Карпенко та очолюваний ним особовий склад склали присягу на вірність народу України.

У 1997 році, не погоджуючись із поглядами командування ВМС ЗС України на майбутнє вітчизняного флоту, професіонал своєї справи Анатолій Карпенко звільнився з військової служби.

Колектив ГУР МО України сумує з приводу смерті Анатолія Леонідовича Карпенка та висловлює щирі співчуття рідним та близьким покійного.