Після розпаду Радянського Союзу і відновлення у серпні 1991 року незалежності України вище керівництво, розуміючи важливість створення військової організації молодої держави, першочерговим вважало необхідність формування самодостатньої системи воєнної розвідки. Так, з метою захисту територіальної цілісності та суверенітету країни, паралельно із становленням Збройних Сил України розпочалось створення системи воєнної розвідки Збройних Сил України.  

В організаційне ядро, що відпрацьовувало необхідні розпорядчі документи та формувало засади існування воєнної розвідки України, увійшли офіцери, які проходили службу в системі розвідки радянських угруповань військ на території України, та офіцери, які повернулись на Батьківщину з різних куточків колишнього Радянського Союзу.

Нова структура воєнної розвідки Української держави фактично створювалася на основі комплекту сил і засобів розвідки Київського, Одеського, Прикарпатського військових округів, армії протиповітряної оборони, 17 повітряної армії, частково Чорноморського флоту та з’єднань і частин центрального підпорядкування.

Ця структура, незважаючи на відсутність усієї необхідної інфраструктури на початковому етапі будівництва ЗС України, дала можливість забезпечити існування прототипу системи воєнної розвідки та її інформаційної складової, проте вона ще не могла вирішувати увесь комплекс завдань, притаманних системі воєнної розвідки держави.

У зв’язку з цим було прийнято рішення щодо формування декількох додаткових розвідувальних структур та органів (більшість з них мали у своєму складі інформаційні підрозділи).

Так, у лютому 1992 року почалося формування управління розвідки Головного штабу Збройних Сил України.

На той час фрагменти системи воєнної розвідки видів ЗС функціонували відокремлено, не було єдиної системи управління і зв’язку, що унеможливлювало здійснення оперативного керівництва силами та засобами, які залучалися до бойового чергування й виконання розвідувальних завдань мирного часу, а також організації цілеспрямованого добування та обробки розвідувальної інформації. Крім того, була відсутня єдина система оперативної та бойової підготовки, підбору та розстановки кадрів, матеріально-технічного забезпечення, дезорганізована робота навчальних закладів і науково-дослідних установ.

З формуванням управління розвідки Головного штабу Збройних Сил України головні зусилля були зосереджені на об’єднанні під єдиним керівництвом структур розвідки видів ЗС України, налагодженні системи розвідки мирного часу. Значних зусиль доклав особовий склад Управління й до розробки керівних та бойових документів, яких на той час у ЗС України не було.

Подальші кроки вимагали вирішення проблем розгортання структур воєнної стратегічної розвідки. У зв’язку з цим, згідно з Указом Президента України від 7 вересня 1992 року, було прийнято рішення щодо формування Управління воєнної стратегічної розвідки Міністерства оборони України.

Таким чином, питаннями організації та ведення розвідки в складі ЗС України стали відати два органи управління розвідкою. Зрозуміло, що практично неможливо двом структурам різного рівня підпорядкування (Міністру оборони і начальнику Головного штабу) приймати, не дублюючи один одного, узгоджені рішення стосовно принципів формування та складу різноманітних комплектів розвідки, керівництва їх діяльністю, визначення обсягу і змісту завдань розвідки, розробки документів тощо.

Усе це породжувало значні перешкоди на шляху створення сучасної, ефективно діючої системи воєнної розвідки. Тому представниками обох управлінь були підготовлені обґрунтовані пропозиції щодо необхідності створення єдиного центрального органу управління системою воєнної розвідки України.

6 липня 1993 року згідно з Указом Президента України на базі управління розвідки Головного штабу Збройних Сил України та Управління воєнної стратегічної розвідки Міністерства оборони України розпочалось формування Головного управління військової розвідки Міністерства оборони України.

14 квітня 1994 року Указом Президента України Головне управління військової розвідки Міністерства оборони України було перейменовано в Головне управління розвідки Міністерства оборони України (ГУР МО України). З цього часу почала розвиватись комплексна, ефективна та багаторівнева система воєнної розвідки Збройних Сил України.

22 березня 2001 року Верховною Радою України ухвалено Закон “Про розвідувальні органи України” – Головне управління розвідки Міністерства оборони України одержало статус спеціального органу державної влади.

У зв’язку з постійною появою нових загроз національним інтересам України, переорієнтацією зовнішньополітичних пріоритетів країн світу, керівництво ГУР МО підвищену увагу приділяє питанням підтримання належного рівня і процесу удосконалення професійної підготовки співробітників та організації інфраструктури. Безперервно опрацьовуються нові напрями діяльності, активно налагоджується міжнародне співробітництво, а також постійно береться безпосередня участь у розробці проектів і прийнятті нових законодавчих документів України.

Завдяки наполегливій роботі керівництва та особового складу, ГУР МО України – це добре організована структура, яка успішно функціонує та має високий авторитет у державі.